一九九二年夏初，幾位關心華人神學教育的神學教育工作者在紐約聚首，有意在美東創設一間以華語講課的神學院。鑒於無法克服人力、財力、物力的問題，又鑒於亟需神學教育的華人基督徒是遍及全球，乃撇用受空間與場地規限的神學院模式，而改創紐約神學教育中心。
當年六月底，紐約神學教育中心的董事會組成，並即推動事工和進行註冊。九月間，獲紐約州教育部通知批准；十月十三日得註冊署註冊為非牟利機構。其後，並獲聯邦稅務署批准為免稅法團。
中心成立之初，以舉辦聖地旅遊學習團，到各地教會舉辦專題講座和研討會為主，並即籌劃出版神學教育叢書、信徒靈修叢書，以及聖道函授的事工。一九九三年十月，出版了首本神學教育叢書和頭一冊的信徒靈修叢書；聖道函授也在一年的籌備後，於同月開始招生。
一九九七年擴大了學務委員會，接著又有學術諮議顧問團的設立，羅致了各地著名的神學教育工作者協助本中心的發展。為關顧學員的靈程發展和輔導其學業，自一九九八年十月起，創立了校牧制度(後更名為「院牧」)，分別牧養同學與同工。同年，亦成立了電腦小組，致力以資訊科技來推動神學教育。
此外，本中心亦已於二零零四年獲亞洲神學協會（Asia Theological Association）接納為副會員及在二零零五年獲基督教持續神學教育院校協會（ACCESS, Association of Christian Continuing Education Schools and Seminaries）接納為會員。在2012年正式成為亞洲神學協會的正會員資格。
現時，就讀本中心的漢語網絡神學院（前稱「聖道函授課程」及「遙距神學課程」）的學員已超過一千人，分別在不同的班別中進修；而畢業的學員亦已超過數百人，其中多人更獲授牧師聖職在不同教會中忠心事奉。
本中心亦重視文字出版事工，已經前後出版了神學教育叢書、靈修叢書和生活、信仰、文藝及見證叢書等二十多冊。至於專題講座、神學研討會及密集課程等，則分別在加拿大、香港、台灣及美國的紐約州、新澤西州、德拉瓦州、麻省、加州和俄亥俄州等地舉辦了多次。
現時則透過首創的「網上真人教室」致力推動「漢語網絡神學院」的事工，並藉著「中國心事奉」的發展與中國教會保持密切交流，期望彼此能有更多配搭事奉的機會。